sus inicios

Malakian y Serj Tankian asistieron al colegio Rose and Alex Pilibos Armenian School, aunque, dada su diferencia de edad, no se conocieron hasta 1992, cuando, en proyectos distintos, compartían estudio de grabación. Formaron una nueva banda llamada Soil con Dave Hakopyan al bajo y Domingo "Dingo" Laranio a la batería. Shavo Odadjian fue su mánager y guitarrista rítmico ocasional. En 1994, tras solo un concierto, y la grabación de una Jam Session, Hakopyan y Laranio decidieron abandonar la agrupación por que no le veían ningún futuro. Después de separarse, Tankian, Odadjian, y Malakian formaron una nueva banda, la cual tendría como nombre "Victims of a Down" por un poema escrito por Malakian, pero luego se decidió cambiar la palabra "Victims" por "System". Su baterista, Andy, tuvo que alejarse de la banda debido a una cirugía en su mano, siendo reemplazado por John Dolmayan.

Malakian grabó cinco álbumes con System of a Down: System of a Down (album) (1998), Toxicity (2001), Steal This Album! (2002) y, más recientemente, Mezmerize (2005), y Hypnotize (2005).